La biologie des eaux douces traite de tous les aspects de l'écologie des eaux intérieures, y compris les rivières et les lacs, les eaux souterraines, les plaines inondables et les autres zones humides d'eau douce. Il comprend l'étude des micro-organismes, des algues, des macrophytes, des invertébrés, des poissons et d'autres vertébrés, ainsi que ceux concernant des systèmes entiers et les aspects physiques et chimiques connexes de l'environnement, à condition qu'ils aient une pertinence biologique claire.