La microbiologie appliquée est une discipline scientifique qui traite de l'application des micro-organismes et des connaissances les concernant. Les applications incluent la biotechnologie, l'agriculture, la médecine, la microbiologie alimentaire et la bioremédiation.
La microbiologie appliquée est l'étude du monde microbien et de la manière dont il interagit avec le nôtre. Il examine comment nous pouvons exploiter et utiliser les pouvoirs des microbes dans des domaines allant de la biotechnologie à la lutte antiparasitaire, en passant par les bioraffineries et les applications pharmaceutiques.