Journal des biomarqueurs Libre accès

Abstrait

Analyse bioinformatique des gènes différentiellement exprimés et de leur enrichissement fonctionnel dans la leucémie myéloïde aiguë porteuse de translocation MLL

Yongjin Tang, Jinyuan Zheng, Xiaomeng Fu, Yang Chen et Donghong Lin

Contexte : Les translocations chromosomiques du gène de la leucémie à lignée mixte (MLL ; tMLL) sont corrélées à la résistance au traitement et à un pronostic extrêmement défavorable chez les personnes atteintes de leucémie myéloïde aiguë (LMA). Les mécanismes sous-jacents sont encore inconnus. Cette étude vise à identifier les gènes clés et les mécanismes moléculaires potentiels impliqués dans le réarrangement MLL dans la LMA en utilisant une approche bioinformatique.

Méthodes : Les profils d'expression génétique de 15 individus présentant une duplication partielle en tandem du gène MLL (MLL-PTD)-AML et de 10 échantillons tMLL-AML ont été téléchargés à partir de la base de données Gene Expression Omnibus (GEO). Les gènes différentiellement exprimés (DEG) ont été sélectionnés et des analyses d'enrichissement fonctionnel ont été réalisées. Le réseau d'interaction protéine-protéine (PPI) a été établi et visualisé dans Cytoscape. Les gènes centraux ont été identifiés par CytoHubba et les modules significatifs ont été éliminés par détection de complexes moléculaires (MCODE).

Résultats : Nous avons catégorisé un total de 885 DEGs comprenant 330 gènes régulés à la hausse et 555 gènes régulés à la baisse. La majorité des DEGs étaient significativement enrichis pour le transport transmembranaire des ions calcium, la morphogenèse du système squelettique embryonnaire et les processus de prolifération cellulaire. Plusieurs voies étaient enrichies, notamment celles associées à la signalisation PI3K-Akt et à la résistance à l'insuline. Nous avons identifié 32 gènes pivots et éliminé 2 modules.

Conclusion : Les gènes que nous avons identifiés dans cette étude peuvent représenter des biomarqueurs potentiels de la LAM réarrangée par MLL et contribuer au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques.

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